Geboren 1945 in Athen, wuchs Aperghis als Sohn des Bildhauers Achille Aperghis und der Malerin Irène Aperghis auf. Er bildete sich weitgehend autodidaktisch als Maler und Komponist aus. 1963 zog er nach Paris. Musikalisch wurde er von Komponisten wie Pierre Schaeffer, Pierre Henry und Iannis Xenakis, John Cage und Mauricio Kagel beeinflusst. 1971 erschien mit »La Tragique histoire du nécromancien Hieronimoet et de son miroir« sein erstes Werk für das Musiktheater, dessen profiliertester Vertreter in Frankreich er wurde. 1976 gründete er die Theatergruppe Atelier Théâtre et Musique (ATEM) in Bagnolet (seit 1991 am Théâtre des Amandiers in Nanterre). Hier wurden bis zur Auflösung der Gruppe mehr als zwanzig Stücke aufgeführt, darunter »„La bouteille à la mer« (1976), »Conversations« (1985), »Énumérations« (1988), »Jojo« (1990), »H« (1992), »Sextuor« (1993) und »Commentaires« (1996).

Begann ihr Musikstudium mit sieben Jahren am Conservatoire National de Région in Nantes (Violine und Klavier). Mit elf Jahren wurde sie Mitglied des Kinderchors der Oper in Nantes. 1985 wurde sie in die Gesangsklasse des Pariser Konservatoriums aufgenommen. Dank ihrer engen Zusammenarbeit mit dem IRCAM (seit 1993) hat sie zahlreiche Werke uraufgeführt, u. a. von Philippe Manoury, Pascal Dusapin, Luca Francesconi, Georges Aperghis, Fausto Romitelli und Philippe Leroux.